В 1873–1882 году обучался в ИАХ в качестве вольнослушателя у Карла Гуна и в пейзажным классе у Михаила Клодта. За период учебы неоднократно награждался малыми и большими серебряными медалями. За выпускную работу «Лунная ночь в Бахчисарае» в ИАХ 1882 году получил малую золотую медаль.
Ежегодно путешествовал по югу России, Крыму, Кавказу, часто посещал Италию, бывал в Греции. Член и экспонент Общества художников им. Архипа Куинджи, участник выставок ИАХ, Общества поощрения художеств, Московского общества любителей художеств. Экспонент Всемирной выставки в Париже (1900г.). С 1891 по 1918 был членом и выставлялся в Санкт-Петербургском Обществе художников, с 1897– председатель правления. С 1892 – член правления Товарищества иллюстраторов.

Произведения Кондратенко находятся во многих музейных собраниях, среди них – Государственная Третьяковская галерея, Государственный Русский музей, Омский областной музей изобразительных искусств им. Михаила Врубеля, Иркутский областной художественный музей им. Владимира Сукачёва, Пензенская областная квартирная галерея им. Константина Савицкого, Нижегородский художественный музей и другие.